En 1561 entra por el norte del país la viruela, y desde esa fecha hasta 1806 se describen alrededor de veinte brotes del mortal virus.

El brote de viruela más importante y severo por su alta mortalidad fue la del año 1805, no obstante, la pronta acción del Fray hospitalario Pedro Manuel Chaparro permitió que el virus no diezmara un número mayor de la población.

Los historiadores Carballo y Goyeneche sobre su acción relatan: "Comenzó las inoculaciones con tanto acierto que fue el iris que serenó aquella horrible tempestad. Excedieron de 5.000 las personas inoculadas y ninguna pereció", se cuenta que el fray comenzó a vacunar en el pórtico de la Catedral de Santiago y posteriormente, en el Hospital San Juan de Dios.